Материалы к курсу «Трёхмерная структура биомолекул» в ЛНМО

10 – Молекулярные машины
АТФ-синтаза, субъединица F0 PDB ID: 1C17 \| инфо
АТФ-синтаза, субъединица F1 PDB ID: 1E79 \| инфо
26S протеасома PDB ID: 4CR2 \| инфо
09 – Фотосинтез
Фотосистема II Организация кислород-выделяющего центра в фотосистеме II PDB ID: 1S5L \| инфо
Светособирающий комплекс II Светособирающий комплекс, ассоциированный с фотосистемой II, из Pisum sativum PDB ID: 2BHW \| инфо
Фикобилипротеин Фикоцианин из Gracilaria chilensis PDB ID: 2BV8 \| инфо
Цитохром b₆/f Комплекс цитохромов b₆/f PDB ID: 1UM3 \| инфо
Пластоцианин PDB ID: 2PCF \| инфо
Фотосистема I Описание модели PDB ID: 1JB0 \| инфо
08 – Структурные белки
Актин Актин кролика Oryctolagus cuniculus PDB ID: 1ATN \| инфо
Актин в комплексе с гельзолином Актин дрожжей Saccharomyces cerevisiae в комплексе с сегментом I гельзолина человека PDB ID: 1YVN \| инфо
Актин в комплексе с профилином Актин быка Bos taurus в комплексе с профилином PDB ID: 1HLU \| инфо
Актин в комплексе с миозином Актин в комплексе с фрагментом миозина (теоретическая модель) PDB ID: 1ALM \| инфо
Кадгерин PDB ID: 1L3W \| инфо
Коллаген PDB ID: 1BKV \| инфо
Бактериальный микрокомпартмент PDB ID: 2ZV5 \| инфо
Шаперонин GroES/GroEL PDB ID: 1AON \| инфо
07 – Механизм действия лекарств
Рецептор эстрогена, связанный с тамоксифеном Модель лиганд-связывающего домена рецептора эстрадиола, связанного с тамоксифеном PDB ID: 3ERT \| инфо
Рецептор серотонина, связанный с эрготамином Модель лиганд-связывающего домена рецептора серотонина, связанного с эрготамином PDB ID: 4IAR \| инфо
MDR-транспортёр Модель MDR-транспортёра Sav1866 из Staphylococcus aureus PDB ID: 2ONJ \| инфо
06 – Рецепция гормонов
Адренэргический рецептор Модель химерного полипептида адренэргического рецептора с лизоцимом PDB ID: 2RH1 \| инфо
Родопсин Модель фоторецептора родопсина PDB ID: 1F88 \| инфо
TIR1 – Ядерный рецептор ауксина PDB ID: 2P1Q \| инфо
Рецептор эстрогена (лиганд-связывающий домен) Модель лиганд-связывающего домена рецептора эстрадиола PDB ID: 1A52 \| инфо
Рецептор эстрогена (ДНК-связывающий домен) Модель ДНК-связывающего домена рецептора эстрадиола PDB ID: 1HCQ \| инфо
BRI1 – рецептор брассиностероидов Эктодомен стероидного рецептора растений BRI1 в комплексе с брассинолидом PDB ID: 3RJ0 \| инфо
05 – Биологическая сигнализация
Ацетилхолиновый рецептор Ацетилхолиновый рецептор ската Torpedo marmorata PDB ID: 2BG9 \| инфо
Ацетилхолин-связывающий белок Ацетилхолин-связывающий белок прудовика обыкновенного, Lymnaea stagnalis PDB ID: 1UV6 \| инфо
Ацетилхолин-связывающий белок в комплексе с α-кобратоксином Ацетилхолин-связывающий белок прудовика обыкновенного, Lymnaea stagnalis, в комплексе с α-кобратоксином PDB ID: 1YI5 \| инфо
Инсулин Инсулин кабана Sus scrofa PDB ID: 4INS \| инфо
Рецепторный домен рецептора инсулина PDB ID: 2DTG \| инфо
Рецепторный домен рецептора инсулина в комплексе с инсулином PDB ID: 3W14 \| инфо
Трансмембранный домен рецептора инсулина PDB ID: 2MFR \| инфо
Тирозинкиназный домен рецептора инсулина (неактивный) Тирозинкиназный домен рецептора инсулина человека PDB ID: 1IRK \| инфо
Тирозинкиназный домен рецептора инсулина Тирозинкиназный домен рецептора инсулина человека в комплексе с негидролизуемым аналогом АТФ и пептидным субстратом PDB ID: 1IR3 \| инфо
G-белок G-белок лемминга Rattus norvegicus PDB ID: 1GG2 \| инфо
Кальмодулин PDB ID: 1CLL \| инфо
Кальмодулин в комплексе с CDPK PDB ID: 1CM1 \| инфо
04 – Биологические мембраны и транспортные белки II
Холестерол Молекула холестерола PDB ID: \| инфо
Липидная мицелла Мицелла додецилфосфохолина в воде (компьютерная симуляция) PDB ID: \| инфо
Кристаллическая структура липидного бислоя Кристаллическая структура липидного бислоя из 1-пальмитоил-2-олеил-sn-глицеро-3-фосфатидилхолина PDB ID: \| инфо
Гелеобразная структура липидного бислоя Гелеобразная структура липидного бислоя из 1-пальмитоил-2-олеил-sn-глицеро-3-фосфатидилхолина PDB ID: \| инфо
Жидкая структура липидного бислоя Жидкая структура липидного бислоя из 1-пальмитоил-2-олеил-sn-глицеро-3-фосфатидилхолина PDB ID: \| инфо
Бактериородопсин, встроенный в липидный бислой Уравновешенная структура бактериородопсина внутри липидного бислоя 1-пальмитоил-2-олеил-sn-глицеро-3-фосфатидилхолина PDB ID: \| инфо
Мембранный белок FepA Fe²⁺-транспортёр FepA кишечной палочки Escherichia coli PDB ID: 1FEP \| инфо
Рецептор сидерофора FauA Мембранный рецептор сидерофора FauA возбудителя коклюша Bordetella pertussis PDB ID: 3EFM \| инфо
Мальтопорин Мальтопорин LamB кишечной палочки Escherichia coli PDB ID: 1MAL \| инфо
α-Хемолизин α-Хемолизин золотистого стафилококка Staphylococcus aureus PDB ID: 7AHL \| инфо
Кальциевая АТФаза Ca²⁺-АТФаза со связанными ионами Ca²⁺ PDB ID: 1SU4 \| инфо
Аквапорин Аквапорин Z кишечной палочки Escherichia coli PDB ID: 2ABM \| инфо
Na-K-насос Na-K-насос PDB ID: 2ZXE \| инфо
03 – Запасные и транспортные белки I
Миоглобин (рентгеноструктурный анализ) Структура гема и его связывание с молекулой O₂ апопротеином миоглобина PDB ID: 1A6M \| инфо
Гемоглобин Оксигемоглобин человека (Homo sapiens) PDB ID: 1HHO \| инфо
Эритрокруорин Эритрокруорин дождевого червя (Lumbricus terrestris) PDB ID: 2GTL \| инфо
Ферритин Бактериоферритин из синегнойной палочки (Pseudomonas aeruginosa) PDB ID: 3IS7 \| инфо
Трансферрин Трансферрин кабана (Sus scrofa) PDB ID: 1H76 \| инфо
Сидерофор Комплекс сидерофора из Vibrio cholerae с сидерокалином человека PDB ID: 4K19 \| инфо
Липопротеин липовителлин Липовителлин миноги Ichthyomyzon unicuspis PDB ID: 1LSH \| инфо
02 – Нуклеиновые кислоты
Цитидин Структура нуклеозида цитидина PDB ID: \| инфо
Водородные связи в ДНК (B-форма) Водородные связи в ДНК (B-форма) PDB ID: \| инфо
A-форма ДНК PDB ID: \| инфо
B-форма ДНК PDB ID: 1BNA \| инфо
Z-форма ДНК PDB ID: 3ZNA \| инфо
H-форма ДНК Тройная спираль ДНК PDB ID: 1BCE \| инфо
Квадруплексная структура ДНК Четырёхспиральная структура ДНК PDB ID: 1QDG \| инфо
РНК-шпилька Шпилька в одноцепочечной мРНК белка APOB PDB ID: 1YLG \| инфо
Тиминовый димер в ДНК Тиминовый димер в b-форме ДНК PDB ID: 1TTD \| инфо
Репарация тиминового димера фотолиазой Репарация тиминового димера фотолиазой PDB ID: 1TEZ \| инфо
тРНК Транспортная РНК PDB ID: 1TRA \| инфо
TATA-бокс связывающий белок TATA-связывающий белок (TBP) является компонентом базального транскрипционного фактора TFIID Homo sapiens PDB ID: 1TGH \| инфо
Компонент энхансосомы ДНК-связывающие домены IRF3, ATF-2 и JUN, связанные с энхансером транскрипции интерферона-β PDB ID: 1T2K \| инфо
Гомеодомен в комплексе с ДНК PDB ID: 1B8I \| инфо
Домен „лейциновые молнии“ в комплексе с ДНК PDB ID: 1NWQ \| инфо
Домен bHLH в комплексе с ДНК PDB ID: 1A0A \| инфо
Домен „цинковые пальцы“ (TATA-мотив) в комплексе с ДНК PDB ID: 1G2D \| инфо
Рестриктаза EcoRI в комплексе с одноцепочечной ДНК PDB ID: 1QPS \| инфо
01 – Введение
2 нуклеосомы шпорцевой лягушки Xenopus laevis Между нуклеосомами находится линкерная ДНК, связанная с гистоном H1, который на модели не показан. Длина межнуклеосомной ДНК составляет 57 пар оснований (обычно 50±10). Гистоны первой нуклеосомы окрашены как на предыдущей модели, на гистонах второй нуклеосомы показаны особенности структуры - α-спирали показаны пурпурным, β-слои - светло-жёлтым. PDB ID: 1ZBB \| инфо
Нуклеосома шпорцевой лягушки Xenopus laevis Кор гистоновых белков 2x(H2a, H2b, H3, H4) представлен в виде α-спиралей. Гистон H2a показан жёлтым, H2b - красным, H3 - голубым, H4 - зелёным. Сахарофосфатный остов ДНК окрашен светло-жёлтым и розовым, как на предыдущих моделях. Негативная суперспирализованная ДНК длиной 145 нуклеотидных пар делает 1.65 оборота левой спирали. PDB ID: 1AOI \| инфо
Синтетический белок Синтетический белок 1VYE был использован для проверки алгоритма предсказания трёхмерной структуры методом рентгеновской кристаллографии PDB ID: 1VYE \| инфо
α-спираль / ферритиноподобный белок Исключительно α-слои: бактериоферритин из Escherichia coli PDB ID: 1BCF \| инфо
Гомеодомен-подобный белок Гомеодомен engrailed из Drosophila melanogaster PDB ID: 1ENH \| инфо
Иммуноглобулин-подобный β-сэндвич PDB ID: 1CD8 \| инфо
Четырёхлопастной β-пропеллер C-концевой домен коллагеназы 3 человека (MMP-13) PDB ID: 1PEX \| инфо
Одноцепочечная левозакрученная β-спираль UDP-N-ацетилглюкозамин ацилтрансфераза Escherichia coli PDB ID: 1LXA \| инфо
β-призма II α-D-маннозо-специфичный лектин подснежника Galanthus nivalis PDB ID: 1JPC \| инфо
α/β-структура ATP-зависимая фосфофруктокиназа из Escherichia coli PDB ID: 1PFK \| инфо
α+β-структура Пилин из Neisseria gonorrhoeae PDB ID: 2PIL \| инфо
α+β-структура – GFP-подобная GFP – зелёный флуоресцентный белок – из медузы Aequorea victoria PDB ID: 1EMA \| инфо

#	Название	ID	URL	Короткий URL
	Введение в методы получения структур биомолекул
1	Синтетический белок	1vye	открыть
2	Синтетический белок	1rik	открыть
3	Миоглобин (рентгеноструктурный анализ)	1a6m	открыть
4	Миоглобин (ЯМР)	1myf	открыть
	Электрон-транспортная цепь в митохондриях
5	Комплекс I	4hea	открыть
6	Комплекс II	1nek	открыть
7	Комплекс III	1bgy	открыть
8	Комплекс IV	1qle	открыть
9	Цитохром C	3cyt	открыть
10	Большая субъединица прокариотической рибосомы	1ffk	открыть
	Молекулярная структура фотосистем растений
11	Фотосистема II	1s5l	открыть	goo.gl/mIjPy
12	Светособирающий комплекс II	2bhw	открыть	goo.gl/s2f5d
13	Фикобилипротеин	2bv8	открыть	goo.gl/YgmsM
14	Цитохром b₆/f	1um3	открыть	goo.gl/b3krl
15	Пластоцианин	2pcf	открыть	goo.gl/91PTW
16	Фотосистема I	1jb0	открыть	goo.gl/YWXf2
17	Ферредоксин	1a70	открыть	goo.gl/ucHTe
18	АТФ-синтаза, субъединица F0	1c17	открыть
19	АТФ-синтаза, субъединица F1	1e79	открыть
20	Бактериальная фотосистема из пурпурной бактерии	1prc	открыть	goo.gl/KJd2Y
21	Ферредоксин	1a70	открыть	goo.gl/ucHTe
22	Фотосистема II	1s5l	открыть	goo.gl/mIjPy
	Структура рецепторных молекул растений
23	Фитохром Б	1jnu	открыть	goo.gl/LbiVm
24	Криптохром	1u3d	открыть	goo.gl/hEQgU
25	TIR1 – Ядерный рецептор ауксина	2p1q	открыть	goo.gl/V3a3b
26	ABP1 – цитоплазматический рецептор ауксина	1lrh	открыть	goo.gl/z3l4A
27	AHK4 – рецептор цитокинина	3t4l	открыть	goo.gl/PK1Mf
28	GID1 – рецептор гиббереллина	2zsh	открыть	goo.gl/sUwqA
29	BRI1 – рецептор брассиностероидов	3rj0	открыть	goo.gl/vERQ6
30	Рецептор жасмоновой кислоты	3ogl	открыть	goo.gl/E3MoT
31	PYR1 – рецептор абсцизовой кислоты	3k90	открыть	goo.gl/7ApA6
32	Кальмодулин	1cll	открыть	goo.gl/9ObY4
33	Кальмодулин в комплексе с CDPK	1cm1	открыть
34	Гомеодомен в комплексе с ДНК	1b8i	открыть	goo.gl/Qlhwu
35	Домен „лейциновые молнии“ в комплексе с ДНК	1nwq	открыть	goo.gl/jgA28
36	Домен bHLH в комплексе с ДНК	1a0a	открыть	goo.gl/ZlFLV
37	Домен „цинковые пальцы“ (TATA-мотив) в комплексе с ДНК	1g2d	открыть	goo.gl/5G0G8
	Структура нуклеиновых кислот
38	A-форма ДНК	molbio_dnaaform	открыть
39	B-форма ДНК	molbio_dnabform	открыть
40	Z-форма ДНК	molbio_dnazform	открыть
41	Водородные связи в ДНК (B-форма)	molbio_dnahbonds	открыть
42	H-форма ДНК	molbio_dnahform	открыть
43	Переход B-формы ДНК в ДНК Z-формы	molbio_dnaz2b	открыть
44	Топоизомераза I	molbio_top1	открыть
45	Топоизомераза IIa	molbio_top2	открыть
46	Топоизомераза IV	molbio_gyrase	открыть
47	Гираза (субъединица B)	molbio_gyraseb	открыть
48	Рестриктаза EcoRI	molbio_ecori	открыть
49	Cas9	molbio_cas9	открыть
	Организация бактериальных и эукариотических геномов
	Молекулярные механизмы копирования полинуклеотидов
	Процессинг первичных РНК-транскриптов
	Трансляция - рибосомальный синтез белка
50	Аминоацил-тРНК синтетаза I класса	1qrs	открыть
51	Аминоацил-тРНК синтетаза II класса	1asz	открыть
52	30S субчастица прокариотической рибосомы	1j5e	открыть
53	50S субчастица прокариотической рибосомы	1q7y	открыть
54	30S субчастица и тРНК в сайтах A, P и E	1jgo	открыть
55	Распознавание последовательности SD в 70S рибосоме	4v4j	открыть
56	Распознавание последовательности SD в 70S рибосоме	4v5g	открыть
57	Факторы инициации IF-1, IF-2 и тРНК	1zo1	открыть
58	Комплекс EF-Tu с тРНК и ГТФ	1b23	открыть
59	Фактор терминации RF-1	1zbt	открыть
60	Фактор терминации RF-2	1gqe	открыть
61	Фактор терминации RRF	1ek8	открыть
62	Шаперонин GroEL/GroES	1aon	открыть
	01 – Введение
63	2 нуклеосомы шпорцевой лягушки Xenopus laevis	lnmo_1zbb	открыть
64	Нуклеосома шпорцевой лягушки Xenopus laevis	lnmo_1aoi	открыть
65	Синтетический белок	lnmo_1vye	открыть
66	α-спираль / ферритиноподобный белок	lnmo_1bcf	открыть
67	Гомеодомен-подобный белок	lnmo_1enh	открыть
68	Иммуноглобулин-подобный β-сэндвич	lnmo_1cd8	открыть
69	Четырёхлопастной β-пропеллер	lnmo_1pex	открыть
70	Одноцепочечная левозакрученная β-спираль	lnmo_1lxa	открыть
71	β-призма II	lnmo_1jpc	открыть
72	α/β-структура	lnmo_1pfk	открыть
73	α+β-структура	lnmo_2pil	открыть
74	α+β-структура – GFP-подобная	lnmo_1ema	открыть
	02 – Нуклеиновые кислоты
75	Цитидин	lnmo_cytidine	открыть
76	Водородные связи в ДНК (B-форма)	lnmo_dnahbonds	открыть
77	A-форма ДНК	lnmo_dnaaform	открыть
78	B-форма ДНК	lnmo_dnabform	открыть
79	Z-форма ДНК	lnmo_dnazform	открыть
80	H-форма ДНК	lnmo_dnahform	открыть
81	Квадруплексная структура ДНК	lnmo_dnaqform	открыть
82	РНК-шпилька	lnmo_1ylg	открыть
83	Тиминовый димер в ДНК	lnmo_1ttd	открыть
84	Репарация тиминового димера фотолиазой	lnmo_1tez	открыть
85	тРНК	lnmo_1tra	открыть
86	TATA-бокс связывающий белок	lnmo_1tgh	открыть
87	Компонент энхансосомы	lnmo_1t2k	открыть
88	Гомеодомен в комплексе с ДНК	lnmo_1b8i	открыть	goo.gl/Qlhwu
89	Домен „лейциновые молнии“ в комплексе с ДНК	lnmo_1nwq	открыть	goo.gl/jgA28
90	Домен bHLH в комплексе с ДНК	lnmo_1a0a	открыть	goo.gl/ZlFLV
91	Домен „цинковые пальцы“ (TATA-мотив) в комплексе с ДНК	lnmo_1g2d	открыть
92	Рестриктаза EcoRI в комплексе с одноцепочечной ДНК	lnmo_1qps	открыть
	03 – Запасные и транспортные белки I
93	Миоглобин (рентгеноструктурный анализ)	lnmo_1a6m	открыть
94	Гемоглобин	lnmo_1hho	открыть
95	Эритрокруорин	lnmo_2gtl	открыть
96	Ферритин	lnmo_3is7	открыть
97	Трансферрин	lnmo_1h76	открыть
98	Сидерофор	lnmo_4k19	открыть
99	Липопротеин липовителлин	lnmo_1lsh	открыть
	04 – Биологические мембраны и транспортные белки II
100	Холестерол	lnmo_cholesterol	открыть
101	Липидная мицелла	lnmo_m65	открыть
102	Кристаллическая структура липидного бислоя	lnmo_popc-crystal	открыть
103	Гелеобразная структура липидного бислоя	lnmo_popc-gel	открыть
104	Жидкая структура липидного бислоя	lnmo_popc-fluid	открыть
105	Бактериородопсин, встроенный в липидный бислой	lnmo_popc-br	открыть
106	Мембранный белок FepA	lnmo_1fep	открыть
107	Рецептор сидерофора FauA	lnmo_3efm	открыть
108	Мальтопорин	lnmo_1mal	открыть
109	α-Хемолизин	lnmo_7ahl	открыть
110	Кальциевая АТФаза	lnmo_1su4	открыть
111	Аквапорин	lnmo_2abm	открыть
112	Na-K-насос	lnmo_2zxe	открыть
	05 – Биологическая сигнализация
113	Ацетилхолиновый рецептор	lnmo_2bg9	открыть
114	Ацетилхолин-связывающий белок	lnmo_1uv6	открыть
115	Ацетилхолин-связывающий белок в комплексе с α-кобратоксином	lnmo_1yi5	открыть
116	Инсулин	lnmo_4ins	открыть
117	Рецепторный домен рецептора инсулина	lnmo_2dtg	открыть
118	Рецепторный домен рецептора инсулина в комплексе с инсулином	lnmo_3w14	открыть
119	Трансмембранный домен рецептора инсулина	lnmo_2mfr	открыть
120	Тирозинкиназный домен рецептора инсулина (неактивный)	lnmo_1irk	открыть
121	Тирозинкиназный домен рецептора инсулина	lnmo_1ir3	открыть
122	G-белок	lnmo_1gg2	открыть
123	Кальмодулин	lnmo_1cll	открыть
124	Кальмодулин в комплексе с CDPK	lnmo_1cm1	открыть
	06 – Рецепция гормонов
125	Адренэргический рецептор	lnmo_2rh1	открыть
126	Родопсин	lnmo_1f88	открыть
127	TIR1 – Ядерный рецептор ауксина	lnmo_2p1q	открыть	goo.gl/V3a3b
128	Рецептор эстрогена (лиганд-связывающий домен)	lnmo_1a52	открыть
129	Рецептор эстрогена (ДНК-связывающий домен)	lnmo_1hcq	открыть
130	BRI1 – рецептор брассиностероидов	lnmo_3rj0	открыть	goo.gl/vERQ6
	07 – Механизм действия лекарств
131	Рецептор эстрогена, связанный с тамоксифеном	lnmo_3ert	открыть
132	Рецептор серотонина, связанный с эрготамином	lnmo_4iar	открыть
133	MDR-транспортёр	lnmo_2onj	открыть
	08 – Структурные белки
134	Актин	lnmo_1atn	открыть
135	Актин в комплексе с гельзолином	lnmo_1yvn	открыть
136	Актин в комплексе с профилином	lnmo_1hlu	открыть
137	Актин в комплексе с миозином	lnmo_1alm	открыть
138	Кадгерин	lnmo_1l3w	открыть
139	Коллаген	lnmo_1bkv	открыть
140	Бактериальный микрокомпартмент	lnmo_2zv5	открыть
141	Шаперонин GroES/GroEL	lnmo_1aon	открыть
	09 – Фотосинтез
142	Фотосистема II	lnmo_1s5l	открыть	goo.gl/mIjPy
143	Светособирающий комплекс II	lnmo_2bhw	открыть	goo.gl/s2f5d
144	Фикобилипротеин	lnmo_2bv8	открыть	goo.gl/YgmsM
145	Цитохром b₆/f	lnmo_1um3	открыть	goo.gl/b3krl
146	Пластоцианин	lnmo_2pcf	открыть	goo.gl/91PTW
147	Фотосистема I	lnmo_1jb0	открыть	goo.gl/YWXf2
	10 – Молекулярные машины
148	АТФ-синтаза, субъединица F0	lnmo_1c17	открыть
149	АТФ-синтаза, субъединица F1	lnmo_1e79	открыть
150	26S протеасома	lnmo_4cr2	открыть

10 – Молекулярные машины
АТФ-синтаза, субъединица F0 PDB ID: 1C17 \| инфо
АТФ-синтаза, субъединица F1 PDB ID: 1E79 \| инфо
26S протеасома PDB ID: 4CR2 \| инфо
09 – Фотосинтез
Фотосистема II Организация кислород-выделяющего центра в фотосистеме II PDB ID: 1S5L \| инфо
Светособирающий комплекс II Светособирающий комплекс, ассоциированный с фотосистемой II, из Pisum sativum PDB ID: 2BHW \| инфо
Фикобилипротеин Фикоцианин из Gracilaria chilensis PDB ID: 2BV8 \| инфо
Цитохром b₆/f Комплекс цитохромов b₆/f PDB ID: 1UM3 \| инфо
Пластоцианин PDB ID: 2PCF \| инфо
Фотосистема I Описание модели PDB ID: 1JB0 \| инфо
08 – Структурные белки
Актин Актин кролика Oryctolagus cuniculus PDB ID: 1ATN \| инфо
Актин в комплексе с гельзолином Актин дрожжей Saccharomyces cerevisiae в комплексе с сегментом I гельзолина человека PDB ID: 1YVN \| инфо
Актин в комплексе с профилином Актин быка Bos taurus в комплексе с профилином PDB ID: 1HLU \| инфо
Актин в комплексе с миозином Актин в комплексе с фрагментом миозина (теоретическая модель) PDB ID: 1ALM \| инфо
Кадгерин PDB ID: 1L3W \| инфо
Коллаген PDB ID: 1BKV \| инфо
Бактериальный микрокомпартмент PDB ID: 2ZV5 \| инфо
Шаперонин GroES/GroEL PDB ID: 1AON \| инфо
07 – Механизм действия лекарств
Рецептор эстрогена, связанный с тамоксифеном Модель лиганд-связывающего домена рецептора эстрадиола, связанного с тамоксифеном PDB ID: 3ERT \| инфо
Рецептор серотонина, связанный с эрготамином Модель лиганд-связывающего домена рецептора серотонина, связанного с эрготамином PDB ID: 4IAR \| инфо
MDR-транспортёр Модель MDR-транспортёра Sav1866 из Staphylococcus aureus PDB ID: 2ONJ \| инфо
06 – Рецепция гормонов
Адренэргический рецептор Модель химерного полипептида адренэргического рецептора с лизоцимом PDB ID: 2RH1 \| инфо
Родопсин Модель фоторецептора родопсина PDB ID: 1F88 \| инфо
TIR1 – Ядерный рецептор ауксина PDB ID: 2P1Q \| инфо
Рецептор эстрогена (лиганд-связывающий домен) Модель лиганд-связывающего домена рецептора эстрадиола PDB ID: 1A52 \| инфо
Рецептор эстрогена (ДНК-связывающий домен) Модель ДНК-связывающего домена рецептора эстрадиола PDB ID: 1HCQ \| инфо
BRI1 – рецептор брассиностероидов Эктодомен стероидного рецептора растений BRI1 в комплексе с брассинолидом PDB ID: 3RJ0 \| инфо
05 – Биологическая сигнализация
Ацетилхолиновый рецептор Ацетилхолиновый рецептор ската Torpedo marmorata PDB ID: 2BG9 \| инфо
Ацетилхолин-связывающий белок Ацетилхолин-связывающий белок прудовика обыкновенного, Lymnaea stagnalis PDB ID: 1UV6 \| инфо
Ацетилхолин-связывающий белок в комплексе с α-кобратоксином Ацетилхолин-связывающий белок прудовика обыкновенного, Lymnaea stagnalis, в комплексе с α-кобратоксином PDB ID: 1YI5 \| инфо
Инсулин Инсулин кабана Sus scrofa PDB ID: 4INS \| инфо
Рецепторный домен рецептора инсулина PDB ID: 2DTG \| инфо
Рецепторный домен рецептора инсулина в комплексе с инсулином PDB ID: 3W14 \| инфо
Трансмембранный домен рецептора инсулина PDB ID: 2MFR \| инфо
Тирозинкиназный домен рецептора инсулина (неактивный) Тирозинкиназный домен рецептора инсулина человека PDB ID: 1IRK \| инфо
Тирозинкиназный домен рецептора инсулина Тирозинкиназный домен рецептора инсулина человека в комплексе с негидролизуемым аналогом АТФ и пептидным субстратом PDB ID: 1IR3 \| инфо
G-белок G-белок лемминга Rattus norvegicus PDB ID: 1GG2 \| инфо
Кальмодулин PDB ID: 1CLL \| инфо
Кальмодулин в комплексе с CDPK PDB ID: 1CM1 \| инфо
04 – Биологические мембраны и транспортные белки II
Холестерол Молекула холестерола PDB ID: \| инфо
Липидная мицелла Мицелла додецилфосфохолина в воде (компьютерная симуляция) PDB ID: \| инфо
Кристаллическая структура липидного бислоя Кристаллическая структура липидного бислоя из 1-пальмитоил-2-олеил-sn-глицеро-3-фосфатидилхолина PDB ID: \| инфо
Гелеобразная структура липидного бислоя Гелеобразная структура липидного бислоя из 1-пальмитоил-2-олеил-sn-глицеро-3-фосфатидилхолина PDB ID: \| инфо
Жидкая структура липидного бислоя Жидкая структура липидного бислоя из 1-пальмитоил-2-олеил-sn-глицеро-3-фосфатидилхолина PDB ID: \| инфо
Бактериородопсин, встроенный в липидный бислой Уравновешенная структура бактериородопсина внутри липидного бислоя 1-пальмитоил-2-олеил-sn-глицеро-3-фосфатидилхолина PDB ID: \| инфо
Мембранный белок FepA Fe²⁺-транспортёр FepA кишечной палочки Escherichia coli PDB ID: 1FEP \| инфо
Рецептор сидерофора FauA Мембранный рецептор сидерофора FauA возбудителя коклюша Bordetella pertussis PDB ID: 3EFM \| инфо
Мальтопорин Мальтопорин LamB кишечной палочки Escherichia coli PDB ID: 1MAL \| инфо
α-Хемолизин α-Хемолизин золотистого стафилококка Staphylococcus aureus PDB ID: 7AHL \| инфо
Кальциевая АТФаза Ca²⁺-АТФаза со связанными ионами Ca²⁺ PDB ID: 1SU4 \| инфо
Аквапорин Аквапорин Z кишечной палочки Escherichia coli PDB ID: 2ABM \| инфо
Na-K-насос Na-K-насос PDB ID: 2ZXE \| инфо
03 – Запасные и транспортные белки I
Миоглобин (рентгеноструктурный анализ) Структура гема и его связывание с молекулой O₂ апопротеином миоглобина PDB ID: 1A6M \| инфо
Гемоглобин Оксигемоглобин человека (Homo sapiens) PDB ID: 1HHO \| инфо
Эритрокруорин Эритрокруорин дождевого червя (Lumbricus terrestris) PDB ID: 2GTL \| инфо
Ферритин Бактериоферритин из синегнойной палочки (Pseudomonas aeruginosa) PDB ID: 3IS7 \| инфо
Трансферрин Трансферрин кабана (Sus scrofa) PDB ID: 1H76 \| инфо
Сидерофор Комплекс сидерофора из Vibrio cholerae с сидерокалином человека PDB ID: 4K19 \| инфо
Липопротеин липовителлин Липовителлин миноги Ichthyomyzon unicuspis PDB ID: 1LSH \| инфо
02 – Нуклеиновые кислоты
Цитидин Структура нуклеозида цитидина PDB ID: \| инфо
Водородные связи в ДНК (B-форма) Водородные связи в ДНК (B-форма) PDB ID: \| инфо
A-форма ДНК PDB ID: \| инфо
B-форма ДНК PDB ID: 1BNA \| инфо
Z-форма ДНК PDB ID: 3ZNA \| инфо
H-форма ДНК Тройная спираль ДНК PDB ID: 1BCE \| инфо
Квадруплексная структура ДНК Четырёхспиральная структура ДНК PDB ID: 1QDG \| инфо
РНК-шпилька Шпилька в одноцепочечной мРНК белка APOB PDB ID: 1YLG \| инфо
Тиминовый димер в ДНК Тиминовый димер в b-форме ДНК PDB ID: 1TTD \| инфо
Репарация тиминового димера фотолиазой Репарация тиминового димера фотолиазой PDB ID: 1TEZ \| инфо
тРНК Транспортная РНК PDB ID: 1TRA \| инфо
TATA-бокс связывающий белок TATA-связывающий белок (TBP) является компонентом базального транскрипционного фактора TFIID Homo sapiens PDB ID: 1TGH \| инфо
Компонент энхансосомы ДНК-связывающие домены IRF3, ATF-2 и JUN, связанные с энхансером транскрипции интерферона-β PDB ID: 1T2K \| инфо
Гомеодомен в комплексе с ДНК PDB ID: 1B8I \| инфо
Домен „лейциновые молнии“ в комплексе с ДНК PDB ID: 1NWQ \| инфо
Домен bHLH в комплексе с ДНК PDB ID: 1A0A \| инфо
Домен „цинковые пальцы“ (TATA-мотив) в комплексе с ДНК PDB ID: 1G2D \| инфо
Рестриктаза EcoRI в комплексе с одноцепочечной ДНК PDB ID: 1QPS \| инфо
01 – Введение
2 нуклеосомы шпорцевой лягушки Xenopus laevis Между нуклеосомами находится линкерная ДНК, связанная с гистоном H1, который на модели не показан. Длина межнуклеосомной ДНК составляет 57 пар оснований (обычно 50±10). Гистоны первой нуклеосомы окрашены как на предыдущей модели, на гистонах второй нуклеосомы показаны особенности структуры - α-спирали показаны пурпурным, β-слои - светло-жёлтым. PDB ID: 1ZBB \| инфо
Нуклеосома шпорцевой лягушки Xenopus laevis Кор гистоновых белков 2x(H2a, H2b, H3, H4) представлен в виде α-спиралей. Гистон H2a показан жёлтым, H2b - красным, H3 - голубым, H4 - зелёным. Сахарофосфатный остов ДНК окрашен светло-жёлтым и розовым, как на предыдущих моделях. Негативная суперспирализованная ДНК длиной 145 нуклеотидных пар делает 1.65 оборота левой спирали. PDB ID: 1AOI \| инфо
Синтетический белок Синтетический белок 1VYE был использован для проверки алгоритма предсказания трёхмерной структуры методом рентгеновской кристаллографии PDB ID: 1VYE \| инфо
α-спираль / ферритиноподобный белок Исключительно α-слои: бактериоферритин из Escherichia coli PDB ID: 1BCF \| инфо
Гомеодомен-подобный белок Гомеодомен engrailed из Drosophila melanogaster PDB ID: 1ENH \| инфо
Иммуноглобулин-подобный β-сэндвич PDB ID: 1CD8 \| инфо
Четырёхлопастной β-пропеллер C-концевой домен коллагеназы 3 человека (MMP-13) PDB ID: 1PEX \| инфо
Одноцепочечная левозакрученная β-спираль UDP-N-ацетилглюкозамин ацилтрансфераза Escherichia coli PDB ID: 1LXA \| инфо
β-призма II α-D-маннозо-специфичный лектин подснежника Galanthus nivalis PDB ID: 1JPC \| инфо
α/β-структура ATP-зависимая фосфофруктокиназа из Escherichia coli PDB ID: 1PFK \| инфо
α+β-структура Пилин из Neisseria gonorrhoeae PDB ID: 2PIL \| инфо
α+β-структура – GFP-подобная GFP – зелёный флуоресцентный белок – из медузы Aequorea victoria PDB ID: 1EMA \| инфо